Samurai jack küçükken onu tek başına bırkan ve ailesini ve tüm köyü yokeden karnalık ninjaya karşı sanal alemlerde geziyor. Onu bulduğu yerde imha edip tüm bu yaşananların intikamını alması gerek. Oyunda sende samurai jacki kontrol edip karşısına çıkan karanlık ninjanın adamlarına karşı iyi dövüşle karşı koymalısın.